Shred, wipe

Когда вы удаляете файлы через rm, они не удаляются в прямом смысле этого слова, а только исключается из индекса файловой системы. Для полного удаления следов деятельности можно воспользоваться стандартной утилитой shred:

shred -u file // удалить файл, перезаписав его рандомной инфой 25 раз
shred -u -n 35 file // 35 раз
shred -u -z -n 30 file1 file2 file3 // удалить много файлов, затереть окончания нулями для маскировки
shred /dev/sda // удалить весь жесткий диск

Shred - не умеет удалять каталоги. Сделать это можно, используя wipe:

wipe -rf catalog